玉浦海战的胜利，粉碎了丰臣秀吉从海路侵略朝鲜沿海地区的计划，侵略军、后勤物资的运送也处于瘫痪状态，陆军的进攻也因此受到阻滞。２０多天后（５月２９日），李舜臣又打响了第二次大海战。当时，１０多艘日船停泊在泗川岸边，日军自以为有险可据，想等朝鲜船只靠近了再打。李舜臣看穿了敌人诡计，故意引船后退。日军以为他惧阵脱逃，就驾船追击，不料，刚离岸不久，李舜臣就让龟船掉头向日军猛攻。霎时，枪炮齐鸣，火焰纷飞，日船又被大乌龟吞没了。接着，在唐浦，李舜臣又率领龟船攻击日军阵地。他先用“擒贼先擒王”的战术，俘获日船２１艘，后又巧妙地运用引蛇出洞的策略，用３艘龟船伪装侦察地形，引诱敌人，主力船只则预先埋伏在山脚下。日船果然倾巢出击。进入伏击圈，结果遭到前后夹攻，２６艘日船全被焚毁。战斗中，李舜臣左臂受伤，血流不止，但他屹立船头，指挥若定。７月的一天，在闲山岛地区，李舜臣又同日军展开大战，最后一举歼灭日军水师主力，控制了海域，李舜臣也因屡战告捷，功勋卓著，被晋升为三道水军统制使。

　　就在这时，中国明朝政府应朝鲜政府要求，派出援军与朝鲜军队并肩作战，两军很快收复平壤、开城，把日军赶出朝鲜北部。丰臣秀吉被迫与朝鲜进行和平谈判，可惜在日本间谍的破坏和奸臣的诬陷下，李舜臣竟在１５９７年２月被免职治罪。丰臣秀吉见自己的眼中钉被拔去，立即中止谈判，派出１５万大军再犯朝鲜。当时，指挥朝鲜海军的是一个昏庸无能的军官，他根本不是日军的对手，交战不久，朝鲜军节节败退，海军几乎全被击溃，大片国土又重新沦入敌手，朝鲜政府见情势万分危急，只得重新启用李舜臣，并请求中国再次出兵援助。

　　李舜臣临危受命，重整水师。他团结抗日将士，惩办怕死官员，又吸收忠勇的农民参加水师，在不到一个月的时间内，在残余的１２只战船和一百多名水兵的基础上，又重新组建了一支骁勇善战的强大水师。他率领这支水师利用天时地利，巧布铁索阵，在鸣梁海峡诱敌深入，以１２艘龟船击沉３０多艘日船，击毙击伤日军４千多人，致使丰臣秀吉的如意算盘又落空了。

　　１５９７年冬，朝中联军在李舜臣和中国老将邓子龙的率领下同日军主力在露梁海打了一场空前激烈的海战。交锋开始在深夜，当５００余艘日船抵达露梁海时，朝中战船同时发出猛烈的炮火，海面上烈火冲天，亮如白昼，战士们勇敢地跳上敌船，杀得敌人横尸满舱。敌军惶如瓮中之鳖，急欲夺路逃跑，但被切断退路，于是集中火力负隅顽抗。在激烈的交战中，李舜臣发现邓子龙身陷重围，就立即驶船去援救，不幸左胸中弹，他忍着剧痛，嘱咐部下不要声张，并将军旗交给副手，要他代施号令，战斗一直由夜晚打到白天。

　　第二天中午时，朝中水师共击沉、击毁敌船４５０艘，歼灭日军一万多人。至此，持续了６年之久的朝鲜卫国战争终以辉煌的胜利结束了。这场战争开始于１５９２年，按农历属壬辰年，所以朝鲜历史上把它称作“壬辰卫国战争”。在这场战争中，李舜臣和邓子龙虽然壮烈牺牲了，但他们的精神光辉却映照千秋万代，而李舜臣的作战实践，也为在海上进行反侵略战争提供了宝贵的经验。